九宫庙始建于清朝咸丰年间，由于当时资金短缺，一边建造，一边向民间集资和募捐，（现有功德碑铭文查考）。经过数十年的建造，该寺庙于清朝同治八年整体全部建造落成。当时由于该寺庙地处于长江边的悬崖上，又是一个风水极好的神灵宝地，因而取名为灵岩寺。
灵岩寺自建寺以来，一直香火很旺，每天来往烧香拜佛的香客和信徒都有几百人，因此还在石板场修建了客栈，以使远处的香客住宿。这种景象一直延续到1939年，寺庙进驻国民党军队为止。在清朝光绪二年秋天的一个晚上，从大雄宝殿旁的院墙侧门爬进来了九只乌龟，并且全都爬到下殿基石处就不走了。作为牲灵，佛家是保护的。任凭寺庙内白天再闹热，人来人往，这九只乌龟也不会离开寺庙半步。乌龟的这种灵性使得住寺庙僧人喂养他们，和他们平和相处。巴县志记载，清朝光绪六年，住寺长老和尚主持仪式，长老和尚当面于全寺和尚以及所有香客和信徒们铭曰：此寺庙是坐东朝西而结合动物来命名，东方苍龙，西方白虎，天地交会，万物致养，而循环之妙在中矣！因此是天意，并当众宣布将灵岩寺改名为九龟庙。由于这九只乌龟颜色是缘里透红，所以改名后的九龟庙的院墙、屋脊、房梁、房柱全都是猪红色。远处望此庙，又是喜庆而不失庄重。此后九龟庙更是香火更旺盛。又在马王乡方向、冷水场方向、双山方向、茄子溪方向、中梁山方向，九渡口河边铺俊了六条石板路通往九龟庙，使香客行走更加方便了。九龟庙这样香火旺盛的景象一直延续到民国二十一年。此后由于抗日战争爆发，重庆又是国民党的临时首都。随着汉阳兵工厂迁厂于九龟庙山崖背面，而当时周围的住房极少，因此1939年九龟庙成了国民党驻军把守的一个军事工事，如碉堡，战壕。九龟庙驻了国民党军队以后，原庙里的和尚和长老和尚都到朝阳寺去了。
九龟庙的国民党军队是1949年11月28日凌晨走的。这时庙内似住着两个和尚。解放后九龟庙也因遭受战争磨难，当时的重庆百废待兴，住庙和尚根据太阳过一个时辰的相对位是为之太阳过宫这么一个道理，将九龟庙改名为九宫庙，当地的地名也因此而交九宫庙。九宫庙彻底被拆是60年代因修房而拆的该庙。从此九宫庙寺庙就不复存在了。只有地名而不见其庙。而它的史记就暂告一个段落。
新中国成立前，辖区多为荒坡、山林、农田，第二下九兵工厂于1938年迁入后，随之增加了一些住宅，当时是农民、职工家属杂居。新中国成立之后，逐渐新建了百花村、九宫庙、车家坪、基建村等到13个居民区。（区非遗中心）
